Le typhon Shanshan, accompagné de rafales allant jusqu'à 252 km/h, est arrivé sur le Japon via l'île principale du sud du pays, Kyushu, où vivent 12,5 millions d'habitants, vers 8h00 (23h00 GMT mercredi).

En touchant terre, il a perdu en intensité, avec des rafales de 160 km/h maximum, mais le danger venait surtout des pluies torrentielles qui ont notamment déclenché un glissement de terrain mortel.

Trois membres d'une même famille, un couple de septuagénaires et leur fils trentenaire, sont morts après un glissement de terrain qui a enseveli leur maison à Gamagori, une ville du centre de la préfecture d'Aichi.

Dès mercredi, les autorités avaient émis leur niveau d'alerte le plus élevé dans certaines zones, conseillant à des centaines de milliers de personnes d'évacuer et mettant en garde la population contre des inondations, des glissements de terrain et des avancées de la mer dans les terres "potentiellement mortels".

La ville de Kunisaki, dans la région d'Oita sur l'île de Kyushu, a prévenu ses habitants qu'ils devaient "évacuer vers un lieu sûr ou un endroit plus élevé, comme le deuxième étage de leur maison", en raison du risque d'inondation.

La ville côtière de Miyazaki, jonchée de débris de toutes sortes, a recensé 25 blessés - dont certains causés par une tornade - et près de 200 bâtiments endommagés, a indiqué un responsable local à l'AFP.

Selon la chaîne de télévision NHK, 59 personnes ont été blessées sur l'ensemble de la région de Kyushu et un homme à bord d'un petit bateau est porté disparu sur la côte sud de l'île.

"Notre maison va bien, mais il y a eu une tornade à Miyazaki et il y a eu des coupures de courant à certains endroits. C'est inquiétant", a raconté à l'AFP Aoi Nishimoto, un étudiant de 18 ans qui vit à Fukuoka, principale ville d'île mais qui a pu joindre ses parents à Miyazaki.

"Cette année, je suis loin de chez mes parents pour la première fois. C'est donc un peu effrayant d'être toute seule", a également témoigné auprès de l'AFP Rio Ohtsuru, une autre étudiante âgée de 19 ans interrogée à Fukuoka, ville située dans le nord de l'île.

L'opérateur de services publics de Kyushu a indiqué que 187.010 foyers étaient privés d'électricité sur l'île.

L'intempérie se déplace lentement, ce qui signifie qu'elle a eu le temps de se gonfler d'eau au-dessus de la mer. L'Agence météorologique japonaise (JMA) prévoit sans certitude un déplacement progressif vers l'île principale du Japon, Honshu, et les villes d'Osaka et de Nagoya.

La JMA a prévenu que "les risques de catastrophes dues à de fortes pluies pourraient rapidement augmenter dans l'ouest du Japon d'ici vendredi".

- "Vigilance maximale" -

"Veuillez faire preuve d'une vigilance maximale face aux risques de tempêtes violentes, de vagues et de marées hautes à Kagoshima, ainsi qu'aux glissements de terrain et inondations dans les zones basses et les débordements de rivières dans le sud de Kyushu", a averti tôt jeudi la JMA.

Comme l'ont constaté des journalistes de l'AFP, présents dans la région d'Oita, à l'est de l'île de Kyushu, les rivières sont devenues de dangereux torrents de boue, prêts à sortir de leur lit.

Le sud de l'île de Kyushu devrait battre des records de précipitations. Ainsi il est déjà tombé dans certains endroits du département de Miyazaki 790 mm d'eau en 48h, un record sur deux jours pour un mois d'août dans cette zone.

Face à cette situation, le géant automobile Toyota a suspendu la production dans ses 14 usines au Japon. Nissan et Honda ont eux cessé temporairement l'activité de leurs usines de Kyushu, tout comme des fabricants de puces, dont Tokyo Electron.

Kyushu est un lieu important de production de semi-conducteurs: le géant taïwanais du secteur TSMC y a ouvert une usine en février.

Les compagnies aériennes Japan Airlines et ANA ont annulé plus d'un millier de vols domestiques et internationaux jeudi et vendredi, affectant plus de 44.000 passagers.

De nombreuses liaisons ferroviaires sont interrompues et le seront encore vendredi, ont averti les opérateurs, tandis que le trafic de la plupart des trains à grande vitesse, les Shinkansen, a été suspendu entre les villes de Hakata et Tokyo.

Du 15 au 17 août, un autre typhon, Ampil, avait provoqué l'annulation de nombreux trains et vols au Japon mais n'avait fait que des blessés légers et des dégâts mineurs.

Les typhons de la région se forment plus près des côtes qu'auparavant, s'intensifient plus rapidement et restent plus longtemps au-dessus des terres en raison du changement climatique, selon une étude publiée en juillet.

Une autre étude publiée jeudi par le World Weather Attribution (WWA) a montré que le changement climatique avait accéléré le typhon Gaemi, qui a tué des dizaines de personnes aux Philippines, à Taiwan et en Chine plus tôt cette année.