Grâce au séquençage d'un os retrouvé en Sibérie en 2008, le Suédois de 67 ans a également permis de révéler l'existence d'un autre homininé distinct et inconnu jusqu'alors, l'homme de Denisova, qui vivait dans l'actuelle Russie et en Asie.
Installé en Allemagne depuis des décennies - il travaille au prestigieux Institut Max-Planck pour la recherche fondamentale - Svante Pääbo a découvert en 2009 qu'un transfert de gènes de l'ordre de 2% avait eu lieu entre ces homininés disparus, comme Neandertal, et l'Homo sapiens.
Ce flux ancien de gènes vers l'homme actuel a eu un impact physiologique sur l'homme d'aujourd'hui, affectant par exemple la façon dont son système immunitaire réagit aux infections.
Ses travaux avaient ainsi récemment montré que les malades du Covid-19 portant un segment d'ADN de Neandertal - notamment en Europe, et plus notablement en Asie du Sud - hérité d'un croisement avec le génome humain il y a quelque 60.000 ans, ont plus de risques d'avoir des complications sévères de la maladie.
"Les différences génétiques entre Homo Sapiens et nos plus proches parents aujourd'hui éteints étaient inconnues jusqu'à ce qu'elles soient identifiées grâce aux travaux de Pääbo", a salué le comité Nobel dans sa décision.
Le chercheur suédois a su surmonter les difficultés posées par la dégradation de l'ADN dans le temps: après des milliers d'années, seules des traces demeurent, de surcroît largement contaminées par des bactéries ou des traces humaines modernes.
Dans une interview à la Fondation Nobel, le paléogénéticien a raconté qu'il était "en train d'avaler sa dernière gorgée de thé" quand il a reçu le coup de téléphone de Stockholm.
"Je ne pensais pas vraiment que (ses découvertes) me qualifieraient pour un prix Nobel", a-t-il affirmé.
L'homme de Néandertal a cohabité un temps avec l'homme moderne en Europe avant de disparaître totalement il y environ 30.000 à 40.000 ans, supplanté par Sapiens, aux racines africaines.
"Les 40.000 dernières années sont assez unique dans l'histoire de l'humanité puisque nous somme la seule forme d'humain en vie. Avant cela il y avait presque tout le temps eu d'autres types d'humains", a souligné M. Pääbo jeudi.
Natif de Stockholm, il était considéré comme nobélisable depuis longtemps. Mais il avait disparu de la liste des favoris ces dernières années.
L'Institut Max-Planck s'est réjoui de son prix, saluant un travail "qui a révolutionné notre compréhension de l'évolution historique de l'humain moderne".
- Nobel et fils de Nobel -
Svante Pääbo remporte seul ce Nobel scientifique, doté d'une récompense de 10 millions de couronnes (environ 920.000 euros). Un exploit de plus en plus rare, le dernier Nobel de médecine pour un lauréat seul remontant par exemple à 2016.
La récompense ouvre une dynastie improbable: son père, Sune Bergström (1916-2004), avait également reçu le Nobel de médecine en 1982 pour avoir découvert des prostaglandines.
Il est en réalité le père naturel de Svante, qui avait expliqué publiquement en 2014 être le fruit secret d'une aventure extraconjugale, d'où leurs noms différents.
"Je ne l'ai vu qu’occasionnellement comme adulte", racontera Svante Pääbo dans ses mémoires "L'Homme de Néandertal: à la recherche des génomes perdus".
Le millésime Nobel se poursuit à Stockholm mardi avec la physique et mercredi avec la chimie, avant les très attendus prix de littérature jeudi et de la paix vendredi, seule récompense décernée à Oslo. Le plus récent prix d'économie clôt le millésime lundi prochain.
L'an dernier, le prix de médecine était allé à deux Américains, David Julius et Ardem Patapoutian, pour leurs découvertes sur le fonctionnement du toucher.
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